config.yaml

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# Config file for running HaploHammer pipeline #
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# --- General parameters --- #
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# VCF file to be analyzed
#  - Use this paramater if you have a single VCF
#    containing multiple accessions. 
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vcf: NA

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# Path to the file with the sample IDS
#  - Use this parameter if you have a single VCF
#    containing multiple accessions.
#  - The file should contain one sample ID per 
#    line
#
# To get the sample IDs from a VCF file, run:
#   bcftools query -l <vcf_file> > sample_ids.txt
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sample_ids: 


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# Path to the directory containing the VCF files
#  - Use this parameter if you have multiple VCFs
#    in a directory.
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vcf_dir: NA

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# Path to the output directory
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output_dir: 

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# Path to the reference genome
# - Note this must be an unzipped fasta file
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reference_genome: 

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# Path to the gene model file
# - Note this must be an unzipped gff3/gtf file
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gene_model: